Nicolas Hamanne devint le premier colon de Saint-Isidore lorsqu' il reçut d'Henry Caldwell le premier lot de terre. La paroisse se forma en 1829 lors de l'érection canonique et elle forma la municipalité en 1837, lors de l'érection civile. Deux incendies majeurs ont affecté le milieu; celui en 1981 de la Meunerie où les dommages, s'élevant à 1 500 000 $, fit perdre leur emploi à 75 travailleurs. L'année 1995 fut quant à elle marquée par une série d'événements remarquables. L'abattoir Pro-bœuf en proie à un incendie causa des dommages d'un million en plus de faire perdre leur emploi à 80 employés, la troupe du Théâtre du Ramoneur s'inscrivit dans les records Guinness et la construction de Nutrigène, entreprise spécialisée dans la production de moulée de porc vit le jour.

Grâce à un sol riche qui a favorisé l'essor des entreprises agricoles, principale activité économique du milieu, la municipalité est l'une des plus productives au Québec. La production laitière, porcine et avicole favorisèrent l'implantation d'industries et de commerces reliés à ce secteur économique.

La municipalité de la MRC de la Nouvelle-Beauce, est surnommée la porte de la Beauce, puisque c'est le premier village lorsque l'on vient de Québec. D'ailleurs Saint-Isidore est à seulement 15 minutes du pont Pierre-Laporte.

Il y a 2 700 habitants résidents permanents et ce nombre augmente à 3 000 lors de la saison estivale. L'avenir et l'agrandissement de la municipalité, située près de Québec, semble favorable puisque de plus en plus le désir de la population est de s'établir dans un milieu rural tout en ayant facilement accès aux avantages des grandes villes.

Les activités récréo- touristiques telles que la piste cyclable de la Route Verte, l'église classée monument historique, l'exposition agricole et commerciale du Bassin de la Chaudière ne sont que quelques exemples de loisirs qui sauront divertir les gens du milieu et ceux venant de l'extérieur.